Από τη στιγμή που θα υπάρξει μέσα στο νερό οργανική ύλη αρχίζει ο προαιώνιος κύκλος του αζώτου που παρουσιάζεται στο σχήμα που ακολουθεί. Η αναπνοή των ψαριών, τα λήμματα, το σάπισμα των τροφών και γενικά οτιδήποτε οργανικό προκαλεί παραγωγή αμμωνίου και στη συνέχεια αμμωνίας.
Στην παραστατική παρουσίαση που υπάρχει στην εικόνα, βλέπετε τον κύκλο του αζώτου, από τη στιγμή που η αμμωνία και το αμμώνιο είτε παράγεται από τη σήψη των τροφών και των νεκρών οργανισμών είτε ανταλλάσσετε όπως είδαμε από τα βράγχια των ψαριών και διαχέεται στο νερό.